حضرت آیت‌الله خامنه‌ای در پیامی شهادت حجت‌الاسلام والمسلمین سیّدابراهیم رئیسی رئیس‌جمهور اسلامی ایران، دکتر امیرعبداللهیان وزیر امور خارجه، حجت‌الاسلام‌والمسلمین آل‌هاشم نماینده ولی‌فقیه در آذربایجان شرقی، دکتر رحمتی استاندار آذربایجان شرقی و همراهان گرامی ایشان در سانحه هوایی را تسلیت گفتند.
متن پیام تسلیت رهبر انقلاب اسلامی به این شرح است:بسم الله الرّحمن الرّحیمانا لله و انا الیه راجعون
با اندوه و تاسف فراوان خبر تلخِ درگذشتِ شهادت گونه‌ی عالم مجاهد، رئیس جمهور مردمی و با کفایت و پرتلاش، خادم‌الرضا علیه السلام جناب حجه الاسلام و المسلمین آقای حاج سید ابراهیم رئیسی و همراهان گرامی ایشان رضوان الله علیهم را دریافت کردم.
این حادثه‌ی ناگوار در اثنای یک تلاش خدمت‌رسانی اتفاق افتاد؛ همه‌ی مدت مسئولیت این انسان بزرگوار و فداکار چه در دوران کوتاه ریاست جمهوری و چه پیش از آن، یکسره به تلاش بی‌وقفه در خدمت به مردم و به کشور و به اسلام سپری شد.
رئیسی عزیز خستگی نمی شناخت. در این حادثه‌ی تلخ، ملت ایران، خدمتگزار صمیمی و مخلص و با ارزشی را از دست داد. برای او صلاح و رضایت مردم که حاکی از رضایت الهی است بر همه چیز ترجیح داشت، از این رو آزردگیهایش از ناسپاسی و طعن برخی بدخواهان، مانع تلاش شبانه روزیش برای پیشرفت و اصلاح امور نمی شد.
در این حادثه‌ی سنگین شخصیتهای برجسته ای مانند حجهالاسلام آل هاشم امام جمعه‌ی محبوب و معتبر تبریز، جناب آقای امیر عبداللهیان وزیر خارجه‌ی مجاهد و فعال، جناب آقای مالک رحمتی استاندار انقلابی و متدین آذربایجان شرقی و گروه پروازی و دیگر همراهان نیز به رحمت الهی پیوستند.
اینجانب پنج روز عزای عمومی اعلام می کنم و به ملت عزیز ایران تسلیت می گویم. جناب آقای مخبر طبق اصل ۱۳۱ قانون اساسی در مقام مدیریت قوه‌ی مجریه قرار می گیرد و موظف است به همراهی رؤسای قوای مقنّنه و قضائیه ترتیبی دهند که ظرف حداکثر پنجاه روز رئیس جمهور جدید انتخاب شود.
در پایان تسلیت صمیمی خود را به مادر گرامی جناب آقای رئیسی و همسر فاضل و بزرگوار ایشان و دیگر بازماندگان رئیس جمهور و خانواده‌های محترم همراهان بویژه والد ماجد جناب آقای آل هاشم معروض می دارم و صبر و تسلای آنان و رحمت الهی برای درگذشتگان را مسألت می کنم.
سیّدعلی خامنه‌ای۴۰۳/۲/۳۱
رئیسی عزیز خستگی نمی‌شناخت
